Es kann sich durchaus als sinnvoll erweisen, neue Karten zu formatieren. Allerdings nur mit einem Tool, das die Clustergröße ändern kann (z.B. FlashFormat).
Speichert man auf einer Karte mit großen Clustern sehr viele kleine Dateien (wie beim PPC z.B. Notizen), so verschenkt man etwas Platz.
Beispiel: Ist die Clustergröße 16kb und die meisten Dateien unter 8KB, so würde man bei einer neuen Formatierung mit Clustergröße 8KB fast doppelt so viele Dateien speichern können, da Dateien immer nur ganze Cluster belegen können und der Rest eines Clusters immer "verschenkt" wird.
Der Effekt ist auch zu beobachten, wenn man doch eigentlich die 4Mb Daten locker auf die noch freien 5MB auf der Karte kopieren will, aber der Platz nicht reicht. Viele kleine Dateien mit vielen "angebrochenen" Clustern verbrauchen halt mehr Platz.
Allerdings wird auch Platz verbraucht für z.B. Directory Einträge und bei größeren Dateien für die Verweise auf den jeweils nächsten Cluster der Datei.
Deshalb kann es bei wenigen großen Datein (z.B. Filme) auch sinnvoll sein, größere Cluster zu verwenden und damit die Anzahl und damit den Platz der Verweise zu verringern.
Beim Microdrive können große Cluster außerdem den Stromverbrauch etwas senken, da nicht so viele Kopfbewegungen notwendig sind, um den nächsten Cluster zu finden.
Nebenbei läßt sich so bei Filmen auch die Performance etwas steigern, da der Nutzdatenanteil der zu lesenden Information größer ist und nicht so oft der nächsten Cluster gesucht werden muss.

Das ganze macht natürlich nur Sinn, wenn die zu speichernden Dateigrößen je Karte relativ einheitlich sind. Wer sowohl große wie kleine Dateien auf einer Karte hat, muss ich zwischen Performance oder Platz entscheiden oder einen Mittelweg gehen.

Eine gute Idee kann es sein, die SD Karte, die immer im Gerät steckt für Notizen, Webseiten, Mails etc. mit kleinen Clustern zu formatieren und die CF Karte für Videos und Audiobooks mit großen.

Übrigens ist die werksseitige Formatierung verschiedener Hersteller unterschiedlich. Einige verwenden recht kleine Cluster, andere recht große. Nachsehen lohnt sich.

Nehmen wir mal an Du hast eine 2GB Toshiba PCMCIA Karte als Laufwerk.
Mit FAT16 kannst Du maximal eine 2GB Partition anlegen. Die FAT (file allocatin table) verwaltet dann 65526 clusters (mit jeweils 32KB).
Durch die großen Cluster wird (je nach Daten) viel Platz verschwendet.
Wenn jetzt FAT32 verwendet wird können 4KB Cluster verwendet werden. Dadurch kann (insbesondere bei kleinen Dateien) sehr viel Platz gewonnen werden.

Aber wie bei allem im Leben gibt es auch Nachteile ...
Da nun die Cluster kleiner sind gibt es natürlich viel mehr davon. Genauer gesagt sind es jetzt 524208.
Außerdem sind die FAT Einträge jetzt 32bit weit (4 Bytes) statt 16bit (2 Byte) bei FAT16. Dadurch wird die FAT 16 mal so groß als bei FAT16.

Da die FAT ja alle Dateien auf dem Speichermedium verwaltet wird sie bei jedem Zugriff auf eine Datei durchsucht, um den Start Cluster der Datei zu finden.
Es müssen also jetzt 16 mal so viel Daten geladen werden, um durchsucht zu werden und das dauert halt auch länger ...

Bei kleinen Medien (unter 2GB) mit 128MB oder 256MB können sowohl FAT16 wie auch FAT32 verwendet werden. Aber je kleiner die Cluster um so nachteiliger wirkt sich FAT32 aus.
Cluster mit 512 Byte halte ich für zu klein. Das macht nur Sinn, wenn man ausschließlich kleine Notizen (weniger als 500 Zeichen) speichert. Bei normaler Mischung sind Cluster zwischen 2KB und 8KB sinnvoll. Bei MP3 oder Video auch größere Cluster.
Erst bei Clustern über 4KB würde ich über FAT32 nachdenken. Sinnvoll ist es aber eigentlich erst ab 16KB.